メシスにいる「精悍な鉄道作業員」に話しかけるとイベント発生。ファルガイア各地にあるワープクリスタルをサーチ出来るようになり、パズルボックスに挑戦可能となる。
20ヶ所に存在しており、全てのパズルを解く事が「EXファイル」のノルマの１つとなっている。
尚、全てのパズルボックスを解いた後で「精悍な鉄道作業員」に話しかけると、キャロルのパーツ「EZミサイルマイト」が貰える。

フロア内にある全てのブロックを消した後、ゴールに辿り着けばクリアとなる。
全て消したとしてもゴールに辿り着けない状態ではクリアとはならないので注意する事。
初めてクリアした際には、ワープクリスタルの付近にご褒美の宝箱が出現する。

尚、下表における“No”はパズルボックスの“FLOOR”を示しており、数値が大きくなるほど難易度が高くなっている。