- パズルボックスだが、船の墓場ヤードにいるバキータと話をすることでサーチ可能となる。
- パズルボックスの詳細については、以下の表の通りである。
| No. | 座標 | 難易度 | クリア時賞品 | 到達可能時期 | 解法例 |
| 01 | (X:18901,Y:10031) | ★☆☆☆☆ | ポーションベリー×3 | 船の墓場ヤード到達後 | ● |
| 02 | (X:17199,Y:11081) | ★☆☆☆☆ | スキル「忘却耐性2」 | スイートキャンディ号入手後 | ● |
| 03 | (X:7500,Y:6233) | ★☆☆☆☆ | スキル「雷属性耐性2」 | スイートキャンディ号入手後 | ● |
| 04 | (X:6501,Y:18384) | ★☆☆☆☆ | 10000ギャラ | アースガルズ入手後 | ● |
| 05 | (X:18901,Y:19632) | ★☆☆☆☆ | スキル「FPアドバンテージ」 | 船の墓場ヤード到達後 | ● |
| 06 | (X:22501,Y:14433) | ★☆☆☆☆ | リヴァイブフルーツ×5 | 船の墓場ヤード到達後 | ● |
| 07 | (X:21998,Y:3031) | ★★☆☆☆ | フォーミュラカット | 船の墓場ヤード到達後 | ● |
| 08 | (X:14598,Y:22433) | ★★☆☆☆ | スキル「闇属性耐性2」 | 船の墓場ヤード到達後 | ● |
| 09 | (X:10300,Y:17632) | ★★☆☆☆ | フォースキャロット×3 | バリアシェルタークリア後 | ● |
| 10 | (X:13500,Y:831) | ★★☆☆☆ | パーツチェッカー | 深淵の竜宮クリア後 | ● |
| 11 | (X:8900,Y:14933) | ★★☆☆☆ | ネクタール×5 | 巨人のオカリナ入手後 | ● |
| 12 | (X:5999,Y:8634) | ★★☆☆☆ | レベルアップル | 深淵の竜宮クリア後 | ● |
| 13 | (X:3801,Y:4282) | ★★★☆☆ | マイグラントバッジ | 巨人のオカリナ入手後 | ● |
| 14 | (X:21601,Y:9231) | ★★★☆☆ | スキル「やるせない耐性3」 | 巨人のオカリナ入手後 | ● |
| 15 | (X:21949,Y:17134) | ★★★☆☆ | 1ギミルコイン×10 | 深淵の竜宮クリア後 | ● |
| 16 | (X:8300,Y:5632) | ★★★☆☆ | 四人の魔女 第六章 | 巨人のオカリナ入手後 | ● |
| 17 | (X:17898,Y:24333) | ★★★☆☆ | ミラクルベリー×3 | 深淵の竜宮クリア後 | ● |
| 18 | (X:3401,Y:1133) | ★★★☆☆ | 20000ギャラ | 深淵の竜宮クリア後 | ● |
| 19 | (X:1999,Y:23581) | ★★★★☆ | スキル「混乱耐性3」 | プロトウイング入手後 | ● |
| 20 | (X:19400,Y:12532) | ★★★★☆ | スキル「サポートアタック」 | 巨人のオカリナ入手後 | ● |
| 21 | (X:13600,Y:20133) | ★★★★☆ | ラッキーカード×5 | 巨人のオカリナ入手後 | ● |
| 22 | (X:22700,Y:4433) | ★★★★☆ | ゲージリペアキット | プロトウイング入手後 | ● |
| 23 | (X:12300,Y:21931) | ★★★★☆ | アルターパーツ×4 | プロトウイング入手後 | ● |
| 24 | (X:12097,Y:19933) | ★★★★☆ | 30000ギャラ | ガルウイング入手後 | ● |
| 25 | (X:3100,Y:3531) | ★★★★★ | アンブロシア×3 | ガルウイング入手後 | ● |
| 26 | (X:8499,Y:16134) | ★★★★★ | スキル「忘却耐性4」 | ガルウイング入手後 | ● |
| 27 | (X:13697,Y:12331) | ★★★★★ | 四人の魔女 第八章 | ガルウイング入手後 | ● |
| 28 | (X:24850,Y:11181) | ★★★★★ | ブラックパス | ガルウイング入手後 | ● |
| 29 | (X:20000,Y:16032) | ★★★★★ | スキル「戦闘不能耐性4」 | コールホイッスル入手後 | ● |
| 30 | (X:5599,Y:16582) | ★★★★★ | スキル「MPリペア」 | コールホイッスル入手後 | ● |
- 全てのパズルボックスをクリアーし、船の墓場ヤードのバキータと話をすると、Ex.ファイルキーを貰える。